Metodologia de pesquisa é um tema importante na formação de professores e pesquisadores e muito se tem discutido sobre a adequação e pertinência de abordagens quantitativas e qualitativas no ensino de Ciências. Neste texto procuramos ir além desse debate e das controvérsias a ele vinculadas, apresentando exemplos de abordagens metodológicas coerentes e frutíferas que vêm sendo empregadas por experientes grupos de pesquisa brasileiros que têm contribuído para o crescimento da pesquisa em ensino de Ciências no país.